R语言anmap坐标映射功能genomeToTranscriptCoords()函数-中英文对照帮助文档

MicroRbt

        R语言anmap坐标映射功能genomeToTranscriptCoords()函数-中英文对照帮助文档

                                         By MicroRbt Martinez PhD

R语言函数名：genomeToTranscriptCoords()
R语言函数功能：anmap坐标映射功能
来自资源库：Bionconductor-software
genomeToTranscriptCoords()函数所属R语言包：所在R包具体名称、包功能的中英文双语描述见正文后面'--所在R语言包信息--'部分。

描述-----Description-----

Functions to go between Genomic, Proteomic and Transcriptual co-ordinate systems.
在基因组，蛋白质组和转录本座标系统之间运行的功能。


使用方法-----Usage-----

transcriptCoordsToGenome( transcript.ids, position=1, as.vector=FALSE, check.bounds=TRUE, truncate=TRUE, cds=FALSE )
genomeToTranscriptCoords( position, transcript.ids, as.vector=FALSE, check.bounds=TRUE, end=c( 'none', 'both', '5', '3' ) )
proteinCoordsToGenome( protein.ids, position=1, as.vector=FALSE, check.bounds=TRUE, truncate=TRUE )
genomeToProteinCoords( position, protein.ids, as.vector=FALSE, check.bounds=TRUE )

参数-----Arguments-----

参数transcript.ids介绍: A vector of transcript.ids (or a RangedData object of transcripts returned from another annmap function)
transcript.ids的向量（或从另一个anmap函数返回的脚本的RangedData对象）

参数position介绍: The position of interest (either a genomic position for both of the genomeToXXXX methods, or a protein or transcript sequence position for the other two methods )
目标位置（两种genomeToXXXX方法的基因组位置，或其他两种方法的蛋白质或转录物序列位置）

参数as.vector介绍: Should the returned data be in the form of a vector (if TRUE) or a RangedData object (if FALSE)
返回的数据应为矢量形式（如果为TRUE）还是RangedData对象（如果为FALSE）

参数check.bounds介绍: If TRUE, any postion outside the range of the protein/transcript will cause a warning to be issued and NA returned.
如果是TRUEc，则超出蛋白质/转录范围范围的任何位置都将发出警告，并返回NA。

参数end介绍: Should the UTR be taken in to account when calculating the location, one of ("none", "both", "3" or "5"). Defaults to none.
在计算位置时是否应考虑UTR，请选择（"none"，"both"，"3"或"5"）中的一种。默认为none。

参数truncate介绍: If truncate=TRUE, any lengths beyond the end of the transcript or protein will be set to the last residue
如果是truncate=TRUE，则超出转录本或蛋白质末端的任何长度都将设置为最后一个残基

参数cds介绍: If cds=TRUE then only the coding exons (or sub-regions of exons that are coding) are taken in to account.
如果cds=TRUE，则仅考虑编码外显子（或正在编码的外显子的子区域）。

参数protein.ids介绍: A vector of protein.ids (or a RangedData object of proteins returned from another annmap function)
protein.ids的向量（或从另一个anmap函数返回的蛋白质的RangedData对象）

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