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R语言在染色体特征旁边绘制BAM文件数据convertBamToRle()函数-中英文对照帮助文档
By MicroRbt Martinez PhD
R语言函数名：convertBamToRle()
R语言函数功能：在染色体特征旁边绘制BAM文件数据
来自资源库：Bionconductor-software
convertBamToRle()函数所属R语言包：所在R包具体名称、包功能的中英文双语描述见正文后面'--所在R语言包信息--'部分。
描述-----Description-----
These functions aid plotting a-la xmapbridge but in a format that is more publication friendly
这些功能有助于绘制a-la xmapbridge，但格式更易于发布
使用方法-----Usage-----
# Utility MethodsUtility Methods
实用方法
convertBamToRle( bam.file.name, chr, start, end, chr.name.mapping=function( name ){ name } )
generateBridgeData( xrange, bamFiles, colours=NULL, names=NULL )
ngsTraceScale( vector.of.xbams.and.ybams )
ngsTraceLabel( rle.data )
ngsTracePlotter( rle.data, start, end, ylim, trace.label.properties=list(), smoothing.function=function( rle, ... ) { IRanges::runmean( rle, k=1001, endrule='constant' ) },
trace.clip='inherit', trace.draw.scale=FALSE, trace.bor='transparent', trace.pad=c(0,0), ... )
# Plotting MethodsPlotting Methods
绘图方法
ngsBridgePlot( xrange, data=list(), main=NULL, sub=NULL, highlights=NULL, trace.plotter=ngsTracePlotter, genome.layout.weight=4,
trace.scale=ngsTraceScale, trace.draw.scale=NULL, trace.match.strand=TRUE, probe.plot=NULL, exon.depth.plot=genomicExonDepthPlot,
.genes=NULL, .exons=NULL, ... )
参数-----Arguments-----
参数bam.file.name介绍: The name of the BAM file to read in
要读取的BAM文件的名称
参数chr介绍: The chromosome of interest.
感兴趣的染色体。
参数start介绍: The start of the region of interest
感兴趣区域的起点
参数end介绍: The end of the region of interest
感兴趣区域的尽头
参数chr.name.mapping介绍: The function to convert between the Annmap chr name to the chr name in the BAM file. By default, this just uses chr supplied as the parameter, however it can be set to any function you like. One example of this is generalisedNameToNCBI
在Annmap chr名称和BAM文件中的chr名称之间转换的函数。默认情况下，它仅使用提供的chr作为参数，但是可以将其设置为您喜欢的任何函数。这样的一个例子是generalisedNameToNCBI
参数xrange介绍: The genomic range for the x-axis. Should be a GRanges object.
x轴的基因组范围。应该是GRanges对象。
参数bamFiles介绍: A vector containing the filenames of your BAM files.
一个包含BAM文件文件名的向量。
参�
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发表于 2021-2-19 23:26:25
