R语言anmap编码功能codingProbesets()函数-中英文对照帮助文档

MicroRbt

        R语言anmap编码功能codingProbesets()函数-中英文对照帮助文档

                                         By MicroRbt Martinez PhD

R语言函数名：codingProbesets()
R语言函数功能：anmap编码功能
来自资源库：Bionconductor-software
codingProbesets()函数所属R语言包：所在R包具体名称、包功能的中英文双语描述见正文后面'--所在R语言包信息--'部分。

描述-----Description-----

Functions to deal with coding regions and UTRs
处理编码区域和UTR的功能


使用方法-----Usage-----

transcriptToUtrRange( ids, end=c( "both", "5", "3" ), as.data.frame=FALSE, on.translation.error=stop )
transcriptToUtrExon( ids, end=c( 'both', '5', '3' ), as.vector=FALSE, on.translation.error=stop )
transcriptToCodingRange( ids, end=c( "both", "5", "3" ), as.data.frame=FALSE, on.translation.error=stop )
transcriptToCodingExon( ids, end=c( 'both', '5', '3' ), as.vector=FALSE, on.translation.error=stop )
utrProbesets( probesets, transcripts, end=c( "both", "5", "3" ), on.translation.error=stop )
codingProbesets( probesets, transcripts, end=c( "both", "5", "3" ), on.translation.error=stop )
nonIntronicTranscriptLength( ids, end=c( 'none', 'both', '5', '3' ), on.translation.error=stop )
nonIntronicGeneLength( ids )

参数-----Arguments-----

参数ids介绍: A vector of Transcript Names, or a RangedData object of Transcripts returned from another annmap call.
笔录名称的向量，或从另一个anmap调用返回的笔录的RangedData对象。

参数as.data.frame介绍: If FALSE, data will be converted to a RangedData object if possible, otherwise a data.frame
如果为FALSE，则数据将尽可能转换为RangedData对象，否则将转换为data.frame

参数as.vector介绍: If TRUE returns a vector of database identifiers. If FALSE returns a link{GRanges} object containing detailed annotation.
如果TRUE返回数据库标识符的向量。如果FALSE返回包含详细注释的link{GRanges}对象。

参数probesets介绍: An optional vector of Probeset Names, or a RangedData object of Probesets returned from another annmap call.
探针集名称的可选向量，或从另一个anmap调用返回的探针集的RangedData对象。

参数transcripts介绍: An optional vector of Transcript Names, or a RangedData object of Transcripts returned from another annmap call.
笔录名称的可选向量，或从另一个anmap调用返回的笔录的RangedData对象。

参数end介绍: Which end (&

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