R语言 带连接线和星号的柱状图

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对于未分组的数据,将bargraph.CI绘制的图像对象保持到p，然后可以看到里面保存了坐标

1. # 构建数据集
   
2. set.seed(1984)
   
3. category <- gl(3, 3, labels = c("a", "b", "c"))
   
4. value <- c(runif(3, min = 0.8, max = 1.2), rnorm(3, mean = 0.2, sd = 0.1), rnorm(3,
   
5.     mean = 1.5, sd = 0.1))
   
6. data <- data.frame(category, value)
   
7. 
   
8. # 绘制柱状图
   
9. library(sciplot)
   
10. p <- bargraph.CI(category, value, data = data, col = gray(seq(0.1, 0.9, length = 3)),
    
11.     ylim = c(0, 2), lc = F, family = "Times", cex.names = 1.25)
    
12. box()
    
13. 
    
14. # 根据每个图来微调+后参数，然后话连接线
    
15. y.cord <- c(p$CI[2, 1, 1] + 0.1, max(p$CI[2, 1, 1:2]) + 0.2, max(p$CI[2, 1,
    
16.     1:2]) + 0.2, p$CI[2, 1, 2] + 0.1)  ##坐标意义为纵坐标CI[误差线最大值,分组中柱型，分组]
    
17. ## 坐标意义横坐标xvals[分组中柱型,分组]
    
18. x.cord <- c(rep(p$xvals[1, 1], each = 2), rep(p$xvals[2, 1], each = 2))
    
19. lines(x.cord, y.cord)
    
20. 
    
21. # 画星星
    
22. x.text <- mean(p$xvals[1:2, 1])
    
23. y.text <- max(p$CI[2, 1, 1:2]) + 0.3
    
24. text("**", x = x.text, y = y.text)
    

复制代码

对于分组的数据类似

1. # 绘制柱状图
   
2. library(sciplot)
   
3. p <- bargraph.CI(dose,len,group=supp,data=ToothGrowth,xlab="Dose",ylab="Growth",
   
4.                  cex.lab=1.5,x.leg=1,col="black",angle=45,cex.names=1.25,
   
5.                  density=c(0,20),legend=T,lc=F,ylim=c(0,30),family="Times")
   
6. box()
   
7. 
   
8. # 根据每个图来微调+后参数，然后画连接线
   
9. y.cord <- matrix(nrow=0,ncol=4)
   
10. for (i in 1:2) ##1:2决定那些分组需要画线
    
11.   y.cord <-rbind(y.cord,c(p$CI[2,1,i]+1,max(p$CI[2,1:2,i])+2,max(p$CI[2,1:2,i])+2,
    
12.              p$CI[2,2,i]+1))
    
13. 
    
14. x.cord <- matrix(nrow=0,ncol=4)
    
15. for (i in 1:2)
    
16.   x.cord <- rbind(x.cord,c(rep(p$xvals[1,i],each=2),rep(p$xvals[2,i],each=2)))
    
17. for (i in 1:2)
    
18.   lines(x.cord[i,],y.cord[i,])
    
19. 
    
20. # 画星星
    
21. x.text <- colMeans(p$xvals[,1:2])
    
22. y.text <- apply(p$CI[2,1:2,],2,max)+3
    
23. text("**",x=x.text,y=y.text)
    

复制代码

引自：
https://github.com/kaji331/R_scripts/blob/master/脚本/带连接线和星号的柱状图/带连接线和星号的柱状图.md

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很好的code。分享了