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关于excel文件连用的问题

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发表于 2013-12-16 09:38:41 | 显示全部楼层 |阅读模式
具体脚本如下:
### 图形案例2-多样本群落组成柱状图### 读取案例数据 " genus.taxon.level6.txt ",并为每一行命名
otu<-read.table(file="genus.taxon.level6.txt",header=T,check.names=FALSE,sep="\t")
rownames(otu)<- otu[,1]
otu<-otu[,-1]
### 获取所有样本群落组成信息
al<- which(rownames(otu) %in% c("All"))
if(length(al))otu <-otu[-al,]
### 按行计算每个物种out总数,并排序
rowsum<-sapply(1:nrow(otu),function(x) sum(otu[x,]))
otu<-otu[order(rowsum,decreasing=TRUE),]
### out数目转换为百分比
dat<-sapply(1:ncol(otu),function(x) otu[,x]/sum(otu[,x]))
colnames(dat)<-colnames(otu)
rownames(dat)<-rownames(otu)
lab<-rownames(dat)
### 预先定义作图时代表各个物种的颜色mycol <-c(119,132,147,454,89,404,123,529,463,104,552,28,54,84,256,100,558,43,652,31,610,477,588,99,81,503,562,76,96,495)
mycol<-colors()[rep(mycol,20)]
### 预先定义输出形式及宽度高度等信息,这里以tiff图片格式输出
tiff(file="bar.ALL.genus.taxon.level6.txt.tiff",width=750,height=700,pointsize=15)
### 为图形设置布局格式及图形四周边距
layout(matrix(1:2,2,1),heights=c(1:1.2))
par(mar=c(3,5,2,2))
barplot(dat*100,width=1,space=1.2,plot=T,las=1,col=mycol[1:nrow(dat)],cex.axis=1,cex.names=1,border=NA,ylab="Relativeabundance(%)",offset=0,cex.lab=1.2)
### 为第2个图形设置四周边距
par(mar=c(2,5,1,1))
plot.new()
legend("topleft",legend=rownames(dat),ncol=3,fill=mycol[1:nrow(dat)],cex=0.8,bty="n")
dev.off()


运行完都是错误,不能生成如下的图,初学者,这个问题很弱智哦!求详解


11.jpg
11.jpg
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 楼主| 发表于 2013-12-16 09:39:53 | 显示全部楼层
就是脚本语言中那个调用xls文件的路径怎么写进去?
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发表于 2014-4-16 17:43:24 | 显示全部楼层
-read.table(file="genus.taxon.level6.txt"
你这个地方就不对 路径啊
比如我在桌面放了一个文件
那么我的语句就是
x<- read.table("c:\\...\\桌面\\level6.txt",header=True)  
后面你自己写 但是路径是这么来的~  我这是假设你的txt名字叫那个level6
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