目录
1 Introduction to R. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
1.1 Why Command Lines and Scripts? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
1.1.1 The R Console . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2
1.1.2 Variables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3
1.1.3 Functions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3
1.2 Finding Functions and Getting Help . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
1.2.1 Libraries . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
1.2.2 Packages . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
1.2.3 Finding Functions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6
1.2.4 Getting Help. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6
1.3 R Projects. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9
1.3.1 Saving Your Session . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9
1.3.2 Scripts . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
2 Data Structures . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
2.1 Data Structures . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
2.1.1 Vectors, Matrices, and Arrays. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
2.1.2 Data Frames and Lists . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12
2.1.3 Creating Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
2.1.4 Sampling Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16
2.1.5 Reading Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
2.2 Operations on Vectors and Matrices . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19
2.2.1 Arithmetic Functions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19
2.2.2 Descriptive Functions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19
2.2.3 Operators and Expressions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20
2.3 Factors . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24
2.3.1 Making Factors. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
2.3.2 Operations on Factors . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26
2.3.3 Re-ordering and Re-labelling . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27
vii
2.4 Indexing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27
2.4.1 Indexing by Name. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28
2.4.2 Indexing by Number . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29
2.4.3 Inserting and Deleting Rows or Columns . . . . . . . . . . . . 30
2.4.4 Indexing with Factors . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31
2.4.5 Conditional Indexing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31
2.4.6 Sorting. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32
2.5 Reshaping. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33
2.5.1 Stacking and Unstacking . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34
2.5.2 Reshaping: Wide and Long . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34
2.5.3 Merging. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35
2.6 Missing Values . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36
2.6.1 Recoding Missing Values. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36
2.6.2 Operations with Missing Values . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36
2.6.3 Counting and Sorting Missing Values . . . . . . . . . . . . . . 37
2.6.4 Handling Missing Values . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37
2.7 Mapping Functions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38
2.7.1 Repeated Evaluation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39
2.7.2 Applying Functions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39
2.8 Writing Functions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40
2.8.1 Anonymous Functions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41
2.8.2 Optional Arguments . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41
3 Tables and Graphs. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43
3.1 Tables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43
3.1.1 Frequency Tables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44
3.1.2 Tables of Cell Means and Other Summaries. . . . . . . . . . 46
3.1.3 Saving Tables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47
3.2 Graphs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48
3.2.1 Base Graphics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48
3.2.2 Lattice Graphics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54
3.2.3 Multiple Plot Layout . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55
3.2.4 Saving Graphics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57
4 Hypothesis Tests . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 59
4.1 Probability Distributions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 59
4.2 Hypothesis Tests . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60
4.2.1 How to Run a t test. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60
5 Linear Models . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 63
5.1 Model Formulas . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 63
5.1.1 Formula and Data Frame . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 65
5.1.2 Updating Model Fits . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 65
viii Contents
5.2 General Linear Models. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 66
5.2.1 Regression Diagnostics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 67
5.2.2 Testing the Regression Coefficients. . . . . . . . . . . . . . . . 67
5.2.3 Prediction. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 68
5.2.4 Stepwise Regression . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 68
5.2.5 Extracting Information from the Fit Object . . . . . . . . . . 69
5.2.6 Residualizing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 69
5.3 ANOVA. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 70
5.3.1 ANOVA Tables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 71
5.3.2 Comparisons. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 74
5.4 Learning R . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 80
Index . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 81
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发表于 2013-2-14 21:09:52