网上例子只提供了函数，但不知这函数是哪个包？—R-China常见问题解决方案汇编(3)

rchina

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来自本论坛R语言学习QQ群74076289的讨论问题：


童鞋A：
想问一下，这个画周期图的函数
> periodogram(y)
错误: 没有"periodogram"这个函数
不知道如何解决，不知道要加载那个包

童鞋B：
嗯，你这个做周期图的，需要安装包
安装TSA包
periodogram()所属R语言包：TSA
Computing the periodogram

r-china备注：如果只知道函数名称，不知道隶属于哪个包，可以先去http://www.biostatistic.net/forum.php?gid=138这里，在搜索栏中输入你要查的函数名，就会看到相应的隶属于哪个包。以后咱们自己的网站会提供查询的，敬请关注！
另外，有些人自己开发的一些包，没有放到cran里面，这时可以去google查找，然后下载下来装上。

雨过心晴

The function mrbayes in phyloch provides an interface to MrBayes :
mrbayes(x, file, nst = 6, rates = "invgamma", ngammacat = 4,
nruns = 2, ngen = 1e+06, printfreq = 100, samplefreq = 10,
nchains = 4, savebrlens = "yes", temp = 0.2, burnin = 10,
contype = "allcompat", path="/Applications/mrbayes-3.1.2/",
run = TRUE)
为何俺找不到phyloch这个package？求解

rchina

雨过心晴 发表于 2013-3-1 08:59
The function mrbayes in phyloch provides an interface to MrBayes :
mrbayes(x, file, nst = 6, rates  ...

你在哪找的啊，呵呵，cran里面没有，去google找，我给你找了一下
http://www.christophheibl.de/Rpackages.html
看这里是不是

雨过心晴

谢谢管理员的帮忙，正是我想要的程序包，您给我的那个网页上有三个程序包都是关于系统发育分析的，phyloch和phyloclim都安装上了，但LAGOPUS怎么也安装不上，
错误于read.dcf(file.path(pkgname, "DESCRIPTION"), c("Package", "Type")) :
  无法打开链结
此外: 警告信息：
1: In unzip(zipname, exdir = dest) : 从zip文件中抽取1时出了错
2: In read.dcf(file.path(pkgname, "DESCRIPTION"), c("Package", "Type")) :
  无法打开压缩文件'LAGOPUS_1.4.6.tar.gz/DESCRIPTION'，可能是因为'No such file or directory'
是因为下载到的不是zip格式的程序包的原因吗？
多谢您的帮忙。

editor

估计上可能是非zip的原因，window下非zip包安装请看这个帖子，希望对你有帮助
http://www.r-china.net/forum.php?mod=viewthread&tid=204

雨过心晴

谢谢editor的热心帮助，正在尝试解决。

轻灵旋风12

请问我的数据里有负值，不管怎么调初始参数值，用optim总会出现In log(x-c) : NaNs produced，应该怎么处理？

轻灵旋风12

请问我的数据里有负值，不管怎么调初始参数值，用optim总会出现In log(x-c) : NaNs produced，应该怎么处理？