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在R中安装tseries报错

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发表于 2016-6-2 16:08:10 | 显示全部楼层 |阅读模式
各位大侠,本人R新手。
os:centos6.7
R版本:3.3.0
执行install.package("tseries")报错,根据提示安装zoo和quadprog也报错,还请大家指教,谢谢!

R version 3.3.0 (2016-05-03) -- "Supposedly Educational"
Copyright (C) 2016 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-redhat-linux-gnu (64-bit)

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> install.packages("tseries")
将程序包安装入‘/usr/lib64/R/library’
(因为‘lib’没有被指定)
--- 在此連線階段时请选用CRAN的鏡子 ---
还安装相依关系‘quadprog’, ‘zoo’

试开URL’https://mirrors.tuna.tsinghua.ed ... adprog_1.5-5.tar.gz
Content type 'application/octet-stream' length 33651 bytes (32 KB)
==================================================
downloaded 32 KB

试开URL’https://mirrors.tuna.tsinghua.ed ... b/zoo_1.7-13.tar.gz
Content type 'application/octet-stream' length 842068 bytes (822 KB)
==================================================
downloaded 822 KB

试开URL’https://mirrors.tuna.tsinghua.ed ... ries_0.10-35.tar.gz
Content type 'application/octet-stream' length 165537 bytes (161 KB)
==================================================
downloaded 161 KB

* installing *source* package ‘quadprog’ ...
** 成功将‘quadprog’程序包解包并MD5和检查
** libs
gfortran -m64  -fvisibility=hidden -fpic  -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -m64 -mtune=generic -I/usr/lib64/gfortran/modules  -c aind.f -o aind.o
gcc -m64 -std=gnu99 -I/usr/include/R -DNDEBUG  -I/usr/local/include    -fpic  -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -m64 -mtune=generic -fpic -fPIC   -c init.c -o init.o
gfortran -m64 -fvisibility=hidden -fpic -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -m64 -mtune=generic -I/usr/lib64/gfortran/modules -ffloat-store   -c -o solve.QP.compact.o solve.QP.compact.f
solve.QP.compact.f:254.3:

72   if (nvl .EQ. 0) then                                             
   1
警告: 标号 72 于 (1) 经定义但未被使用
solve.QP.compact.f:302.2:

7       t1inf = .FALSE.                                                
  1
警告: 标号 7 于 (1) 经定义但未被使用
solve.QP.compact.f: 在函数‘qpgen1’中:
solve.QP.compact.f:94: 警告:此函数中的‘it1’在使用前可能未初始化
solve.QP.compact.f:98: 警告:此函数中的‘t1’在使用前可能未初始化
gfortran -m64 -fvisibility=hidden -fpic -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -m64 -mtune=generic -I/usr/lib64/gfortran/modules -ffloat-store   -c -o solve.QP.o solve.QP.f
solve.QP.f:245.3:

72   if (nvl .EQ. 0) then                                             
   1
警告: 标号 72 于 (1) 经定义但未被使用
solve.QP.f:293.2:

7       t1inf = .FALSE.                                                
  1
警告: 标号 7 于 (1) 经定义但未被使用
solve.QP.f: 在函数‘qpgen2’中:
solve.QP.f:85: 警告:此函数中的‘it1’在使用前可能未初始化
solve.QP.f:89: 警告:此函数中的‘t1’在使用前可能未初始化
gfortran -m64  -fvisibility=hidden -fpic  -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -m64 -mtune=generic -I/usr/lib64/gfortran/modules  -c util.f -o util.o
gcc -m64 -std=gnu99 -shared -L/usr/lib64/R/lib -ldl -lpthread -lc -lrt -lcurl -lidn -lssh2 -lssh2 -lssl -lcrypto -lssl -lcrypto -lgssapi_krb5 -lkrb5 -lk5crypto -lcom_err -lldap -lz -lrt -o quadprog.so aind.o init.o solve.QP.compact.o solve.QP.o util.o -L/usr/lib64/R/lib -lRblas -ldl -lpthread -lrt /builddir/build/BUILD/R-3.3.0/zlib-1.2.8/target/usr/lib64/libz.a /builddir/build/BUILD/R-3.3.0/bzip2-1.0.6/target/usr/lib64/libbz2.a /builddir/build/BUILD/R-3.3.0/xz-5.2.2/target/usr/lib64/liblzma.a /builddir/build/BUILD/R-3.3.0/pcre-8.38/target/usr/lib64/libpcre.a /builddir/build/BUILD/R-3.3.0/curl-7.48.0/target/usr/lib64/libcurl.a -lcurl -lidn -lssh2 -lssl -lcrypto -lgssapi_krb5 -lkrb5 -lk5crypto -lcom_err -lldap -lz -lgfortran -lm -ldl -lpthread -lrt /builddir/build/BUILD/R-3.3.0/zlib-1.2.8/target/usr/lib64/libz.a /builddir/build/BUILD/R-3.3.0/bzip2-1.0.6/target/usr/lib64/libbz2.a /builddir/build/BUILD/R-3.3.0/xz-5.2.2/target/usr/lib64/liblzma.a /builddir/build/BUILD/R-3.3.0/pcre-8.38/target/usr/lib64/libpcre.a /builddir/build/BUILD/R-3.3.0/curl-7.48.0/target/usr/lib64/libcurl.a -lcurl -lidn -lssh2 -lssl -lcrypto -lgssapi_krb5 -lkrb5 -lk5crypto -lcom_err -lldap -lz -lgfortran -lm -L/usr/lib64/R/lib -lR
gcc: /builddir/build/BUILD/R-3.3.0/zlib-1.2.8/target/usr/lib64/libz.a:没有那个文件或目录
gcc: /builddir/build/BUILD/R-3.3.0/bzip2-1.0.6/target/usr/lib64/libbz2.a:没有那个文件或目录
gcc: /builddir/build/BUILD/R-3.3.0/xz-5.2.2/target/usr/lib64/liblzma.a:没有那个文件或目录
gcc: /builddir/build/BUILD/R-3.3.0/pcre-8.38/target/usr/lib64/libpcre.a:没有那个文件或目录
gcc: /builddir/build/BUILD/R-3.3.0/curl-7.48.0/target/usr/lib64/libcurl.a:没有那个文件或目录
gcc: /builddir/build/BUILD/R-3.3.0/zlib-1.2.8/target/usr/lib64/libz.a:没有那个文件或目录
gcc: /builddir/build/BUILD/R-3.3.0/bzip2-1.0.6/target/usr/lib64/libbz2.a:没有那个文件或目录
gcc: /builddir/build/BUILD/R-3.3.0/xz-5.2.2/target/usr/lib64/liblzma.a:没有那个文件或目录
gcc: /builddir/build/BUILD/R-3.3.0/pcre-8.38/target/usr/lib64/libpcre.a:没有那个文件或目录
gcc: /builddir/build/BUILD/R-3.3.0/curl-7.48.0/target/usr/lib64/libcurl.a:没有那个文件或目录
make: *** [quadprog.so] 错误 1
ERROR: compilation failed for package ‘quadprog’
* removing ‘/usr/lib64/R/library/quadprog’
* installing *source* package ‘zoo’ ...
** 成功将‘zoo’程序包解包并MD5和检查
** libs
gcc -m64 -std=gnu99 -I/usr/include/R -DNDEBUG -I../inst/include -I/usr/local/include    -fpic  -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -m64 -mtune=generic -fpic -fPIC   -c coredata.c -o coredata.o
gcc -m64 -std=gnu99 -I/usr/include/R -DNDEBUG -I../inst/include -I/usr/local/include    -fpic  -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -m64 -mtune=generic -fpic -fPIC   -c init.c -o init.o
gcc -m64 -std=gnu99 -I/usr/include/R -DNDEBUG -I../inst/include -I/usr/local/include    -fpic  -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -m64 -mtune=generic -fpic -fPIC   -c lag.c -o lag.o
gcc -m64 -std=gnu99 -shared -L/usr/lib64/R/lib -ldl -lpthread -lc -lrt -lcurl -lidn -lssh2 -lssh2 -lssl -lcrypto -lssl -lcrypto -lgssapi_krb5 -lkrb5 -lk5crypto -lcom_err -lldap -lz -lrt -o zoo.so coredata.o init.o lag.o -L/usr/lib64/R/lib -lR
/usr/bin/ld: cannot find -lssh2
collect2: ld 返回 1
make: *** [zoo.so] 错误 1
ERROR: compilation failed for package ‘zoo’
* removing ‘/usr/lib64/R/library/zoo’
ERROR: dependencies ‘quadprog’, ‘zoo’ are not available for package ‘tseries’
* removing ‘/usr/lib64/R/library/tseries’

下载的程序包在
    ‘/tmp/RtmpGG7z8e/downloaded_packages’里
更新'.Library'里的HTML程序包列表
Making 'packages.html' ... 做完了。
Warning messages:
1: In install.packages("tseries") :
  安装程序包‘quadprog’时退出狀態的值不是0
2: In install.packages("tseries") : 安装程序包‘zoo’时退出狀態的值不是0
3: In install.packages("tseries") :
  安装程序包‘tseries’时退出狀態的值不是0


> install.packages("zoo")
将程序包安装入‘/usr/lib64/R/library’
(因为‘lib’没有被指定)
试开URL’https://mirrors.tuna.tsinghua.ed ... b/zoo_1.7-13.tar.gz
Content type 'application/octet-stream' length 842068 bytes (822 KB)
==================================================
downloaded 822 KB

* installing *source* package ‘zoo’ ...
** 成功将‘zoo’程序包解包并MD5和检查
** libs
gcc -m64 -std=gnu99 -I/usr/include/R -DNDEBUG -I../inst/include -I/usr/local/include    -fpic  -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -m64 -mtune=generic -fpic -fPIC   -c coredata.c -o coredata.o
gcc -m64 -std=gnu99 -I/usr/include/R -DNDEBUG -I../inst/include -I/usr/local/include    -fpic  -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -m64 -mtune=generic -fpic -fPIC   -c init.c -o init.o
gcc -m64 -std=gnu99 -I/usr/include/R -DNDEBUG -I../inst/include -I/usr/local/include    -fpic  -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -m64 -mtune=generic -fpic -fPIC   -c lag.c -o lag.o
gcc -m64 -std=gnu99 -shared -L/usr/lib64/R/lib -ldl -lpthread -lc -lrt -lcurl -lidn -lssh2 -lssh2 -lssl -lcrypto -lssl -lcrypto -lgssapi_krb5 -lkrb5 -lk5crypto -lcom_err -lldap -lz -lrt -o zoo.so coredata.o init.o lag.o -L/usr/lib64/R/lib -lR
/usr/bin/ld: cannot find -lssh2
collect2: ld 返回 1
make: *** [zoo.so] 错误 1
ERROR: compilation failed for package ‘zoo’
* removing ‘/usr/lib64/R/library/zoo’

下载的程序包在
    ‘/tmp/RtmpGG7z8e/downloaded_packages’里
更新'.Library'里的HTML程序包列表
Making 'packages.html' ... 做完了。
Warning message:
In install.packages("zoo") : 安装程序包‘zoo’时退出狀態的值不是0

> install.packages("quadprog")
将程序包安装入‘/usr/lib64/R/library’
(因为‘lib’没有被指定)
试开URL’https://mirrors.tuna.tsinghua.ed ... adprog_1.5-5.tar.gz
Content type 'application/octet-stream' length 33651 bytes (32 KB)
==================================================
downloaded 32 KB

* installing *source* package ‘quadprog’ ...
** 成功将‘quadprog’程序包解包并MD5和检查
** libs
gfortran -m64  -fvisibility=hidden -fpic  -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -m64 -mtune=generic -I/usr/lib64/gfortran/modules  -c aind.f -o aind.o
gcc -m64 -std=gnu99 -I/usr/include/R -DNDEBUG  -I/usr/local/include    -fpic  -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -m64 -mtune=generic -fpic -fPIC   -c init.c -o init.o
gfortran -m64 -fvisibility=hidden -fpic -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -m64 -mtune=generic -I/usr/lib64/gfortran/modules -ffloat-store   -c -o solve.QP.compact.o solve.QP.compact.f
solve.QP.compact.f:254.3:

72   if (nvl .EQ. 0) then                                             
   1
警告: 标号 72 于 (1) 经定义但未被使用
solve.QP.compact.f:302.2:

7       t1inf = .FALSE.                                                
  1
警告: 标号 7 于 (1) 经定义但未被使用
solve.QP.compact.f: 在函数‘qpgen1’中:
solve.QP.compact.f:94: 警告:此函数中的‘it1’在使用前可能未初始化
solve.QP.compact.f:98: 警告:此函数中的‘t1’在使用前可能未初始化
gfortran -m64 -fvisibility=hidden -fpic -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -m64 -mtune=generic -I/usr/lib64/gfortran/modules -ffloat-store   -c -o solve.QP.o solve.QP.f
solve.QP.f:245.3:

72   if (nvl .EQ. 0) then                                             
   1
警告: 标号 72 于 (1) 经定义但未被使用
solve.QP.f:293.2:

7       t1inf = .FALSE.                                                
  1
警告: 标号 7 于 (1) 经定义但未被使用
solve.QP.f: 在函数‘qpgen2’中:
solve.QP.f:85: 警告:此函数中的‘it1’在使用前可能未初始化
solve.QP.f:89: 警告:此函数中的‘t1’在使用前可能未初始化
gfortran -m64  -fvisibility=hidden -fpic  -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -m64 -mtune=generic -I/usr/lib64/gfortran/modules  -c util.f -o util.o
gcc -m64 -std=gnu99 -shared -L/usr/lib64/R/lib -ldl -lpthread -lc -lrt -lcurl -lidn -lssh2 -lssh2 -lssl -lcrypto -lssl -lcrypto -lgssapi_krb5 -lkrb5 -lk5crypto -lcom_err -lldap -lz -lrt -o quadprog.so aind.o init.o solve.QP.compact.o solve.QP.o util.o -L/usr/lib64/R/lib -lRblas -ldl -lpthread -lrt /builddir/build/BUILD/R-3.3.0/zlib-1.2.8/target/usr/lib64/libz.a /builddir/build/BUILD/R-3.3.0/bzip2-1.0.6/target/usr/lib64/libbz2.a /builddir/build/BUILD/R-3.3.0/xz-5.2.2/target/usr/lib64/liblzma.a /builddir/build/BUILD/R-3.3.0/pcre-8.38/target/usr/lib64/libpcre.a /builddir/build/BUILD/R-3.3.0/curl-7.48.0/target/usr/lib64/libcurl.a -lcurl -lidn -lssh2 -lssl -lcrypto -lgssapi_krb5 -lkrb5 -lk5crypto -lcom_err -lldap -lz -lgfortran -lm -ldl -lpthread -lrt /builddir/build/BUILD/R-3.3.0/zlib-1.2.8/target/usr/lib64/libz.a /builddir/build/BUILD/R-3.3.0/bzip2-1.0.6/target/usr/lib64/libbz2.a /builddir/build/BUILD/R-3.3.0/xz-5.2.2/target/usr/lib64/liblzma.a /builddir/build/BUILD/R-3.3.0/pcre-8.38/target/usr/lib64/libpcre.a /builddir/build/BUILD/R-3.3.0/curl-7.48.0/target/usr/lib64/libcurl.a -lcurl -lidn -lssh2 -lssl -lcrypto -lgssapi_krb5 -lkrb5 -lk5crypto -lcom_err -lldap -lz -lgfortran -lm -L/usr/lib64/R/lib -lR
gcc: /builddir/build/BUILD/R-3.3.0/zlib-1.2.8/target/usr/lib64/libz.a:没有那个文件或目录
gcc: /builddir/build/BUILD/R-3.3.0/bzip2-1.0.6/target/usr/lib64/libbz2.a:没有那个文件或目录
gcc: /builddir/build/BUILD/R-3.3.0/xz-5.2.2/target/usr/lib64/liblzma.a:没有那个文件或目录
gcc: /builddir/build/BUILD/R-3.3.0/pcre-8.38/target/usr/lib64/libpcre.a:没有那个文件或目录
gcc: /builddir/build/BUILD/R-3.3.0/curl-7.48.0/target/usr/lib64/libcurl.a:没有那个文件或目录
gcc: /builddir/build/BUILD/R-3.3.0/zlib-1.2.8/target/usr/lib64/libz.a:没有那个文件或目录
gcc: /builddir/build/BUILD/R-3.3.0/bzip2-1.0.6/target/usr/lib64/libbz2.a:没有那个文件或目录
gcc: /builddir/build/BUILD/R-3.3.0/xz-5.2.2/target/usr/lib64/liblzma.a:没有那个文件或目录
gcc: /builddir/build/BUILD/R-3.3.0/pcre-8.38/target/usr/lib64/libpcre.a:没有那个文件或目录
gcc: /builddir/build/BUILD/R-3.3.0/curl-7.48.0/target/usr/lib64/libcurl.a:没有那个文件或目录
make: *** [quadprog.so] 错误 1
ERROR: compilation failed for package ‘quadprog’
* removing ‘/usr/lib64/R/library/quadprog’

下载的程序包在
    ‘/tmp/RtmpGG7z8e/downloaded_packages’里
更新'.Library'里的HTML程序包列表
Making 'packages.html' ... 做完了。
Warning message:
In install.packages("quadprog") : 安装程序包‘quadprog’时退出狀態的值不是0


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