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给各位兄弟姐妹拜年了。小弟刚接触R一个月,关于R的速度和空间的愚见,请指教。

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发表于 2015-2-2 18:32:39 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 yukuang 于 2015-2-2 18:45 编辑

碰到一个大大的矩阵运算,时间和空间复杂度都是平方。使用普通的R函数解决,碰到问题:
1、普先碰到了烦人的cannot allocate vector of size 595.8Mb。我的内存是4G,也运行了memory.limit(4000),为何到了595.8Mb就不让用了?
2、听说ff或bigmemory可以解决内存问题,在winxp下尝试了一下ff,但是用了ff很多现成的R函数就不能用了,听说是必须使用ff版的R函数才行。
3、那就牺牲时间换空间吧,总比新买些内存强啊。用了for循环较慢,又听说apply在效率上和for差不多(没试过),被老板批效率太低。
4、又试了下Rcpp,ff,C++,Eigen,boost等的组合,发现太痛苦了,程序逻辑倒不算复杂,多种语言(库)的糅合,最痛苦的就是数据类型(数据结构)的转换让人眼花。


高手们能否给兄弟指条路,到底用哪种语言或技术才能获得时间和空间都略加满意的结果,matlab是不是比R强些?非得把兄弟往map/reduce上逼吗?


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发表于 2015-2-14 16:07:08 | 显示全部楼层
新手上路,路过,呵呵,
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发表于 2015-2-15 21:27:34 来自手机 | 显示全部楼层
能否把你的程序和数据发给我试试看是什么问匙
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发表于 2015-2-21 16:15:56 | 显示全部楼层
要做这么大的矩阵,恐怕不是单单R能解决。
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发表于 2015-3-4 19:34:44 | 显示全部楼层
新手路过,表示看的不是很懂
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